Considerado pela Sociedade Brasileira de Nefrologia a mais completa alternativa de substituição da função renal, o transplante é realizado no Hospital da Baleia desde 2002. Uma das referências estaduais do Baleia, o centro se divide nos serviços de Hemodiálise e Transplante Renal. O primeiro conta com 2 grandes salões com capacidade para realizar mais de 40 mil sessões por ano. O segundo possui uma equipe multidisciplinar com 18 anos de experiência, além de estrutura preparada para realizar transplante renal em adultos e crianças. São diferenciais do Centro a realização de transplante renal de doador vivo e falecido, ambulatório pré e pós-transplante, experiência em duas modalidades de diálise peritoneal e ter em sua equipe um enfermeiro exclusivo para atendimento aos pacientes transplantados. O Baleia é a referência municipal paras transplantes renais pediátricos.